rarefy_ms() performs a single subsampling of MS1 features in sample.
Feature intensities are subsampled to the supplied size and accounts
for intensity thresholds due to machine limits and background noise.
Specifically, features whose abundance falls below the threshold
after rarefying are removed. This allows for accurate representation
of samples at different dilutions regardless of the desired
submsampling size.
Arguments
- community_object
A
community_object- size
The desired total sample intensity to subsample to.
- threshold
The individual feature threshold. Each subsampled feature must be >= this value to be retained.
- number_of_threads
the number of threads you wish to use for this calculation.
- seed
the RNG (random number generator) seed you would like to use.
Value
A external_pointer that references a community
matrix of rarefied feature intensities.
returns a matrix object that contains your rarefied data.
Examples
data <-
import_all_data(peak_table =
mums2::mums2_example("botryllus_pt_small.csv"),
metadata =
mums2::mums2_example("boryillus_metadata.csv"),
format = "None")
matched_data <- ms2_ms1_compare(mums2_example("botryllus_v2.gnps.mgf"),
data, 1, 6)
#> Reading: /home/runner/work/_temp/Library/mums2/extdata/botryllus_v2.gnps.mgf ...
#> 17/349 peaks have an MS2 spectra.
community_object <- create_community_matrix_object(matched_data)
rarefy_ms(community_object, 400, 10)
#> 559.37264 Da 448.87 s 882.45822 Da 458.82 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 17 14
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0 16
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0 27
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0 25
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 0 11
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0 10
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0 33
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0 17
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 26 29
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0 16
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0 48
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 29 63
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 20 23
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 13 29
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 12 28
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0 29
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0 17
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 32 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0 15
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 0 21
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 0 67
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0 56
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 24 32
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 58 47
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0 37
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 0 206
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 20 205
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 0 304
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0 117
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 0 173
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 0 155
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 12 74
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 16 96
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 17 111
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 27 18
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 0 27
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0 21
#> 782.56450 Da 436.43 s 536.52815 Da 486.44 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0 64
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 10
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 18
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0 56
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0 22
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0 53
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 27 47
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0 88
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0 32
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0 95
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0 46
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0 87
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0 54
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 142 58
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 157 124
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 0 0
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0 0
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0 29
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 48 65
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 74 66
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0 65
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 74 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 180 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 53 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 53 31
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 32 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 90 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 84 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 108 0
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 56 29
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 55 47
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 0 112
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 0 0
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 0 147
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 81 0
#> 648.44226 Da 504.36 s 609.17531 Da 532.76 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 360
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 265
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 42 226
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 58 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 45 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 106 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0 201
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 10 375
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0 295
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0 0
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 151 0
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0 122
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 0 16
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 55 59
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 93 56
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0 104
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 68 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 0 24
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 86 73
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0 163
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 0 55
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 11 10
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 0 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 0 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0 21
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 0 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 0 0
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 64 27
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0 70
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 0 0
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 0 219
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 0 152
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0 74
#> 647.41630 Da 447.95 s 778.53241 Da 445.03 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 32 53
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 14 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 10 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0 73
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 0 249
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0 59
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 39 174
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0 0
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0 0
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 0 0
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0 0
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0 0
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 0 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 21 78
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 0 167
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 21 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 0 0
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 19 16
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 27 17
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 25 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0 57
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 36 0
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#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0 0
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 53 36
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 0 0
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 0 0
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0 39
#> 555.39892 Da 347.32 s 761.54191 Da 605.01 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 14 84
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 0
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 12 213
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0 95
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0 282
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0 235
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 0 167
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 16 138
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0 56
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 0 15
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 10 148
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 27 25
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 16 67
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0 104
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0 62
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 26 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 17 115
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0 73
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 12 104
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0 64
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 29 99
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 15 84
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 25 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 11 29
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 21 26
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 20 43
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 45 88
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 69 102
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 13 134
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 15 124
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0 157
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 0 0
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 16 12
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 17 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0 27
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 27 24
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 25 51
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 0 45
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 18 65
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 35 21
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 11 33
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 18 28
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 12 0
#> 687.48123 Da 402.80 s 1298.31327 Da 555.75 s
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0 64
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0 20
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0 42
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