rarefy_ms() performs a single subsampling of MS1 features in sample.
Feature intensities are subsampled to the supplied size and accounts
for intensity thresholds due to machine limits and background noise.
Specifically, features whose abundance falls below the threshold
after rarefying are removed. This allows for accurate representation
of samples at different dilutions regardless of the desired
submsampling size.
Arguments
- community_object
A
community_object- size
The desired total sample intensity to subsample to.
- threshold
The individual feature threshold. Each subsampled feature must be >= this value to be retained.
- number_of_threads
the amount of threads you want the calculation to use.
- seed
the RNG (random number generator) seed you would like to use.
Value
A external_pointer that references a community
matrix of rarefied feature intensities.
returns a matrix object that contains your rarefied data.
Examples
data <-
import_all_data(peak_table =
mums2::mums2_example("botryllus_pt_small.csv"),
meta_data =
mums2::mums2_example("meta_data_boryillus.csv"),
format = "None")
#> If peak table has corrupted compound names they will be converted to
#> utf-8 and if there are any commas, they will be converted to periods(.).
filtered_data <- data |>
filter_peak_table(filter_mispicked_ions_params()) |>
filter_peak_table(filter_cv_params(cv_threshold = 0.2)) |>
filter_peak_table(filter_group_params(group_threshold = 0.1,
"Blanks")) |>
filter_peak_table(filter_insource_ions_params())
#> ℹ Checking 1500 peaks for mispicked peaks.
#> ℹ Argument merge_peaks is: TRUE. Merging mispicked peaks with method sum.
#> ✔ 50 ions failed the mispicked filter, 1450 ions remain.
#> ℹ Parsing 1450 peaks for replicability across technical replicates.
#> ✔ 329 ions failed the cv_filter filter, 1121 ions remain.
#> ℹ Parsing 1121 peaks based on the sample group: Blanks.
#> ℹ Argument remove_ions is: TRUE.Removing peaks from Blanks.
#> ✔ 342 ions failed the Blanks filter, 779 ions remain.
#> ℹ Parsing 779 peaks for insource ions.
#> ✔ 55 ions failed the insource filter, 724 ions remain.
change_rt_to_seconds_or_minute(filtered_data, "minutes")
#> [1] "Changing rt values to minutes"
#> Key: <Compound, mz, kmd, RTINMINUTES>
#> Compound mz kmd RTINMINUTES
#> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 1000.65345 Da 418.99 s 1001.6607 0.66073 0.1163333
#> 2: 1002.23833 Da 440.75 s 1003.2456 0.24560 0.1225000
#> 3: 1002.57692 Da 414.74 s 1003.5842 0.58419 0.1151667
#> 4: 1004.19672 Da 603.96 s 1005.2040 0.20400 0.1678333
#> 5: 1004.23580 Da 548.28 s 1005.2431 0.24307 0.1523333
#> ---
#> 720: 980.84769 Da 515.58 s 981.8550 0.85497 0.1431667
#> 721: 984.23693 Da 604.23 s 985.2442 0.24420 0.1678333
#> 722: 984.65546 Da 460.05 s 985.6627 0.66274 0.1278333
#> 723: 997.30596 Da 605.90 s 998.3132 0.31323 0.1683333
#> 724: 998.28767 Da 556.84 s 981.2843 0.28429 0.1546667
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 221012_DGM_Blank1_1_2_391
#> <num> <num>
#> 1: 0 0
#> 2: 0 0
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#> 4: 0 0
#> 5: 0 0
#> ---
#> 720: 0 0
#> 721: 0 0
#> 722: 0 0
#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 221012_DGM_Blank2_1_1_404
#> <num> <num>
#> 1: 0 0
#> 2: 0 0
#> 3: 0 0
#> 4: 0 0
#> 5: 0 0
#> ---
#> 720: 0 0
#> 721: 0 0
#> 722: 0 0
#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 221012_DGM_Blank2_1_3_406
#> <num> <num>
#> 1: 0 0
#> 2: 0 0
#> 3: 0 0
#> 4: 0 0
#> 5: 0 0
#> ---
#> 720: 0 0
#> 721: 0 0
#> 722: 0 0
#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 221012_DGM_Blank3_1_2_420
#> <num> <num>
#> 1: 0 0
#> 2: 0 0
#> 3: 0 0
#> 4: 0 0
#> 5: 0 0
#> ---
#> 720: 0 0
#> 721: 0 0
#> 722: 0 0
#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> <num> <num>
#> 1: 0 1538.23
#> 2: 0 0.00
#> 3: 0 0.00
#> 4: 0 0.00
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#> ---
#> 720: 0 0.00
#> 721: 0 0.00
#> 722: 0 0.00
#> 723: 0 0.00
#> 724: 0 0.00
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 221012_DGM_Blank4_1_3_436
#> <num> <num>
#> 1: 1201.261 1180.144
#> 2: 0.000 0.000
#> 3: 0.000 0.000
#> 4: 0.000 0.000
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#> ---
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#> 721: 0.000 0.000
#> 722: 0.000 0.000
#> 723: 0.000 0.000
#> 724: 0.000 0.000
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 221012_DGM_MB1588_3_2_396
#> <num> <num>
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#> 2: 0.000 0.000
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#> 4: 0.000 0.000
#> 5: 0.000 0.000
#> ---
#> 720: 0.000 0.000
#> 721: 0.000 0.000
#> 722: 0.000 0.000
#> 723: 6487.566 5098.135
#> 724: 202552.359 148361.500
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 221012_DGM_MB1589_4_1_398
#> <num> <num>
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#> ---
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#> 723: 7221.981 0
#> 724: 155704.094 0
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 221012_DGM_MB1589_4_3_400
#> <num> <num>
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#> ---
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#> 722: 0 0
#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 221012_DGM_MB1590_5_2_402
#> <num> <num>
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#> 2: 0.000 0.000
#> 3: 0.000 0.000
#> 4: 0.000 0.000
#> 5: 1977.438 1953.256
#> ---
#> 720: 5517.501 4006.738
#> 721: 17435.523 17933.676
#> 722: 0.000 0.000
#> 723: 0.000 0.000
#> 724: 0.000 0.000
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 221012_DGM_MB1591_6_1_407
#> <num> <num>
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#> 2: 0.000 0
#> 3: 0.000 0
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#> ---
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#> 722: 0.000 0
#> 723: 0.000 0
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#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 221012_DGM_MB1591_6_3_409
#> <num> <num>
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#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 221012_DGM_MB1592_7_2_411
#> <num> <num>
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#> 3: 0 0
#> 4: 0 0
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#> ---
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#> 722: 0 0
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#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 221012_DGM_MB1593_8_1_413
#> <num> <num>
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#> 2: 0 0.000
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#> ---
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#> 724: 0 0.000
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 221012_DGM_MB1593_8_3_415
#> <num> <num>
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#> 2: 0.00 0.000
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#> 4: 5010.69 3815.988
#> 5: 0.00 0.000
#> ---
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#> 721: 0.00 0.000
#> 722: 10564.97 14566.125
#> 723: 0.00 0.000
#> 724: 0.00 0.000
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 221012_DGM_MB1594_9_2_417
#> <num> <num>
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#> 723: 0 0
#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 221012_DGM_MB1595_10_1_422
#> <num> <num>
#> 1: 0 9122.671
#> 2: 0 35174.156
#> 3: 0 0.000
#> 4: 0 1316.851
#> 5: 0 0.000
#> ---
#> 720: 0 0.000
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#> 724: 0 0.000
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 221012_DGM_MB1595_10_3_424
#> <num> <num>
#> 1: 9405.939 10668.905
#> 2: 32907.184 30415.164
#> 3: 0.000 0.000
#> 4: 1761.997 1803.242
#> 5: 0.000 0.000
#> ---
#> 720: 0.000 0.000
#> 721: 0.000 0.000
#> 722: 0.000 0.000
#> 723: 0.000 0.000
#> 724: 0.000 0.000
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 221012_DGM_MB1597_11_2_426
#> <num> <num>
#> 1: 0.000 0.00
#> 2: 0.000 0.00
#> 3: 0.000 0.00
#> 4: 0.000 0.00
#> 5: 0.000 0.00
#> ---
#> 720: 0.000 0.00
#> 721: 0.000 0.00
#> 722: 7123.614 9147.79
#> 723: 0.000 0.00
#> 724: 0.000 0.00
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 221012_DGM_MB1598_12_1_428
#> <num> <num>
#> 1: 0.000 0
#> 2: 0.000 0
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#> ---
#> 720: 0.000 0
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#> 723: 0.000 0
#> 724: 0.000 0
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 221012_DGM_MB1598_12_3_430
#> <num> <num>
#> 1: 0 0
#> 2: 0 0
#> 3: 0 0
#> 4: 0 0
#> 5: 0 0
#> ---
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#> 724: 0 0
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 221012_DGM_MB1599_13_2_432
#> <num> <num>
#> 1: 10114.79 10594.81
#> 2: 0.00 0.00
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#> ---
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#> 724: 0.00 0.00
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 cor
#> <num> <lgcl>
#> 1: 10425.28 TRUE
#> 2: 0.00 TRUE
#> 3: 16543.69 TRUE
#> 4: 0.00 TRUE
#> 5: 0.00 TRUE
#> ---
#> 720: 0.00 TRUE
#> 721: 0.00 TRUE
#> 722: 0.00 TRUE
#> 723: 0.00 TRUE
#> 724: 0.00 TRUE
matched_data <- ms2_ms1_compare(mums2_example("botryllus_v2.gnps.mgf"),
filtered_data, 10, 6)
#> [1] "Reading: /home/runner/work/_temp/Library/mums2/extdata/botryllus_v2.gnps.mgf ..."
#> Computing | 0% ETA: -...
Computing ■ | 2% ETA: ...
Computing ■■ | 4% ETA: ...
Computing ■■■ | 6% ETA: ...
Computing ■■■■ | 8% ETA: ...
Computing ■■■■■ | 10% ETA: ...
Computing ■■■■■■ | 12% ETA: ...
Computing ■■■■■■■ | 14% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■ | 16% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■ | 18% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■ | 20% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■ | 22% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■ | 24% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■ | 26% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■ | 28% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■ | 30% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■ | 32% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 34% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 36% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 38% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 40% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 42% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 44% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 46% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 48% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 50% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 52% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 54% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 56% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 58% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 60% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 62% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 64% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 66% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 68% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 70% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 72% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 74% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 76% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 78% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 80% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 82% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 84% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 86% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 88% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 90% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 92% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 94% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 96% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 98% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 100% ETA: ...
#> [1] "41/724 peaks have an MS2 spectra."
dist <- dist_ms2(data = matched_data, cutoff = 0.3, precursor_thresh = 2,
score_params = modified_cosine_params(0.5), min_peaks = 0)
#> Computing | 0% ETA: -...
Computing ■ | 2% ETA: ...
Computing ■■ | 4% ETA: ...
Computing ■■■ | 7% ETA: ...
Computing ■■■■ | 9% ETA: ...
Computing ■■■■■■ | 12% ETA: ...
Computing ■■■■■■■ | 14% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■ | 17% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■ | 19% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■ | 21% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■ | 24% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■ | 26% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■ | 29% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■ | 31% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 34% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 36% ETA: ...
Computing ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■ | 39% ETA: ...
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