A getter that returns the generated ms2 data in your mass_data object.
Arguments
- mass_data
The object generated from
ms2_ms1_compare().
Examples
data <-
import_all_data(peak_table =
mums2::mums2_example("botryllus_pt_small.csv"),
metadata =
mums2::mums2_example("boryillus_metadata.csv"),
format = "None")
matched_data <- ms2_ms1_compare(mums2_example("botryllus_v2.gnps.mgf"),
data, 1, 6)
#> Reading: /home/runner/work/_temp/Library/mums2/extdata/botryllus_v2.gnps.mgf ...
#> 17/349 peaks have an MS2 spectra.
get_ms1_data(matched_data)
#> compound mz rt 221012_DGM_Blank1_1_1_390
#> <char> <num> <num> <num>
#> 1: 413.12834 Da 319.32 s 414.1356 5.32 1643.672
#> 2: 655.22101 Da 481.62 s 656.2283 8.03 0.000
#> 3: 904.69182 Da 604.24 s 905.6991 10.07 0.000
#> 4: 798.49680 Da 604.00 s 799.5041 10.07 6537.559
#> 5: 641.41035 Da 429.52 s 642.4176 7.16 0.000
#> ---
#> 345: 1214.82162 Da 567.08 s 1215.8289 9.45 0.000
#> 346: 631.10947 Da 525.38 s 632.1168 8.76 105276.031
#> 347: 669.41104 Da 447.19 s 670.4183 7.45 0.000
#> 348: 1047.69861 Da 399.82 s 524.8566 6.66 0.000
#> 349: 385.17025 Da 339.63 s 368.1670 5.66 1294.992
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 221012_DGM_Blank1_1_3_392
#> <num> <num>
#> 1: 1683.589 1581.715
#> 2: 0.000 0.000
#> 3: 0.000 4459.532
#> 4: 0.000 0.000
#> 5: 0.000 0.000
#> ---
#> 345: 7586.120 0.000
#> 346: 250899.562 188218.422
#> 347: 0.000 0.000
#> 348: 0.000 0.000
#> 349: 1395.290 2781.298
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 221012_DGM_MB1588_3_2_396
#> <num> <num>
#> 1: 0.000 1842.961
#> 2: 0.000 0.000
#> 3: 0.000 0.000
#> 4: 0.000 0.000
#> 5: 0.000 0.000
#> ---
#> 345: 5093.665 0.000
#> 346: 216876.562 71004.234
#> 347: 0.000 0.000
#> 348: 17171.740 13720.639
#> 349: 3009.092 0.000
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 221012_DGM_MB1589_4_1_398
#> <num> <num>
#> 1: 0.000 1540.177
#> 2: 8839.863 0.000
#> 3: 4535.730 0.000
#> 4: 0.000 8426.455
#> 5: 0.000 0.000
#> ---
#> 345: 4170.296 2996.647
#> 346: 0.000 117038.008
#> 347: 0.000 0.000
#> 348: 0.000 20115.963
#> 349: 0.000 2736.941
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 221012_DGM_MB1589_4_3_400
#> <num> <num>
#> 1: 1379.541 1349.259
#> 2: 0.000 8058.202
#> 3: 0.000 4271.522
#> 4: 11090.130 7521.545
#> 5: 0.000 15678.532
#> ---
#> 345: 4448.148 3992.679
#> 346: 49952.098 90489.875
#> 347: 0.000 0.000
#> 348: 18680.271 19333.010
#> 349: 0.000 0.000
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 221012_DGM_MB1590_5_2_402
#> <num> <num>
#> 1: 1736.740 1674.615
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#> 5: 15058.773 16887.570
#> ---
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#> 346: 123575.500 65562.547
#> 347: 0.000 0.000
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#> 349: 4141.860 0.000
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 221012_DGM_Blank2_1_1_404
#> <num> <num>
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#> ---
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#> 348: 24176.549 0.000
#> 349: 4057.747 3571.253
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 221012_DGM_Blank2_1_3_406
#> <num> <num>
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#> ---
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#> 347: 0.000 0.000
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#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 221012_DGM_MB1591_6_2_408
#> <num> <num>
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#> 2: 0.000 0.000
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#> ---
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#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 221012_DGM_MB1592_7_1_410
#> <num> <num>
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#> ---
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#> <num> <num>
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#> 5: 0.0000 0.000
#> ---
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#> 347: 0.0000 0.000
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#> <num> <num>
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#> ---
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#> ---
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#> <num> <num>
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#> <num> <num>
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#> ---
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#> ---
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#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> <num> <num>
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#> ---
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#> <num> <num> <num>
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#> ---
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