Beta diversity is calculation that allows us to calculate the differences between two samples. We can conduct this analysis using the created community objects. The available options for beta diversity are: Bray Curtis, Jaccard Dissimilarity, Sorenson index, Hamming Distance, Morista-Horn index, and Yue & Clayton measure of dissimilarity (or thetayc).
Usage
dist_shared(
community_object,
size,
threshold,
diversity_index = "bray",
subsample = TRUE,
number_of_threads = 1,
iterations = 100,
seed = 123
)Arguments
- community_object
the object created from the
create_community_object()function.- size
the size you wish to rarefy your diversity matrix to.
- threshold
the threshold you want your species to reach before it is included in the rarefaction sum.
- diversity_index
the diversity index you wish to calculate diversity. You can choose from: bray, jaccard, soren, hamming, morista, and thetayc.
- subsample
if true, we will rarefy the data before we run the diversity calculations. Default is TRUE.
- number_of_threads
the number of threads you wish to use for this calculation.
- iterations
the amount of times you wish to run your calculation.
- seed
the RNG (random number generator) seed you would like to use.
Examples
data <-
import_all_data(peak_table =
mums2::mums2_example("botryllus_pt_small.csv"),
metadata =
mums2::mums2_example("boryillus_metadata.csv"),
format = "None")
matched_data <- ms2_ms1_compare(mums2_example("botryllus_v2.gnps.mgf"),
data, 1, 6)
#> Reading: /home/runner/work/_temp/Library/mums2/extdata/botryllus_v2.gnps.mgf ...
#> 17/349 peaks have an MS2 spectra.
dist <- dist_ms2(data = matched_data, cutoff = 0.3, precursor_thresh = 2,
score_params = modified_cosine_params(0.5), min_peaks = 6,
number_of_threads = 2)
cluster_results <- cluster_data(distance_df = dist,
ms2_match_data = matched_data,
cutoff = 0.3, cluster_method = "opticlust")
#> Warning: [WARNING]: The mcc metric is not suitible for your data with a cutoff of 0.300000 using tptn instead.
community_object <- create_community_matrix_object(cluster_results)
dist_shared(community_object = community_object,
size = 400, threshold = 100, diversity_index = "bray",
subsample = TRUE, number_of_threads = 1)
#> 221012_DGM_Blank4_1_2_435 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434 0.515038952
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433 0.561546001 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 1.000000000 0.993790762
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 0.703404227 0.583193610
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0.603781509 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 0.487150000 0.089071728
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0.662402377 0.882213109
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 0.487150000 0.089071728
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 1.000000000 0.997911065
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0.778438835 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0.520013166 0.271521996
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0.730239533 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 0.489492428 0.094853158
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0.955241004 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0.987072507 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0.710410464 0.724895067
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0.514880374 0.428426435
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0.841049041 0.848292627
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0.765462325 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 0.487696753 0.089884164
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0.509338199 0.552215878
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0.666366560 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0.750667132 0.680667118
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0.571625000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0.497973412 0.368170646
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0.395405865 0.663825671
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 0.746305599 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0.894474621 0.987416096
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 1.000000000 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431 0.709160595
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 0.596052657
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0.634471602
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 0.591379024
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 0.589915195
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0.632448445
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0.473501197
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 0.590277241
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0.791793995
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0.749583424
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0.958035058
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0.988023982
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0.971223413
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0.781150398
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 0.626665961
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0.978917791
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0.690340430
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0.603471344
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0.997936508
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0.762524568
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 0.761725429
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0.901390670
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 0.893342072
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430 0.478323882
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0.452407320
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 0.681159516
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0.700367223
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 0.700807908
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 0.688372618
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 0.698736417
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 0.740860751
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0.783929621
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0.417853346
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 0.688658315
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0.825395748
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0.955253100
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0.791297462
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0.797031682
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0.754363388
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0.507013173
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0.583063096
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0.734309336
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0.773831678
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 0.711597924
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0.489506825
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0.542568285
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 0.465232233
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 0.791687377
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0.777704670
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0.989734645
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0.609841131
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0.804923868
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0.696874018
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0.795334951
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0.660516615
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 0.543916884
#> 221012_DGM_MB1594_9_2_417 0.909830895
#> 221012_DGM_MB1594_9_3_418 0.802765963
#> 221012_DGM_Blank3_1_2_420 0.519315070
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430
#> 221012_DGM_Blank4_1_1_434
#> 221012_DGM_MB1599_13_3_433
#> 221012_DGM_MB1599_13_1_431
#> 221012_DGM_MB1598_12_3_430
#> 221012_DGM_MB1598_12_1_428 0.284573078
#> 221012_DGM_MB1597_11_2_426 0.403492277
#> 221012_DGM_MB1595_10_3_424 0.972572810
#> 221012_DGM_MB1595_10_2_423 0.972800665
#> 221012_DGM_MB1597_11_3_427 0.410465018
#> 221012_DGM_MB1595_10_1_422 0.972572810
#> 221012_DGM_Blank2_1_1_404 1.000000000
#> 221012_DGM_Blank3_1_1_419 0.998027613
#> 221012_DGM_MB1590_5_3_403 0.973265537
#> 221012_DGM_Blank1_1_2_391 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1599_13_2_432 0.399769287
#> 221012_DGM_MB1590_5_2_402 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1597_11_1_425 0.411046163
#> 221012_DGM_Blank1_1_1_390 0.977221395
#> 221012_DGM_MB1590_5_1_401 0.992070308
#> 221012_DGM_MB1588_3_3_397 0.972572810
#> 221012_DGM_MB1588_3_1_395 0.972961908
#> 221012_DGM_Blank1_1_3_392 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1592_7_2_411 0.979099048
#> 221012_DGM_MB1591_6_1_407 0.972935418
#> 221012_DGM_MB1589_4_1_398 0.973793124
#> 221012_DGM_Blank4_1_3_436 0.669703944
#> 221012_DGM_Blank3_1_3_421 0.943283433
#> 221012_DGM_MB1592_7_3_412 0.974021052
#> 221012_DGM_MB1593_8_2_414 0.977244996
#> 221012_DGM_MB1589_4_3_400 0.975056471
#> 221012_DGM_MB1598_12_2_429 0.160623834
#> 221012_DGM_MB1589_4_2_399 0.972633477
#> 221012_DGM_Blank2_1_2_405 1.000000000
#> 221012_DGM_MB1591_6_2_408 0.607955418
#> 221012_DGM_Blank2_1_3_406 0.997930348
#> 221012_DGM_MB1593_8_1_413 0.979695179
#> 221012_DGM_MB1591_6_3_409 0.600837984
#> 221012_DGM_MB1592_7_1_410 0.970251381
#> 221012_DGM_MB1588_3_2_396 0.973062125
#> 221012_DGM_MB1593_8_3_415 0.742134328
#> 221012_DGM_MB1594_9_1_416 0.749961623
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